Het Markermeer bestaat vrijwel geheel uit open water. Langs de Noordhollandse kust liggen enkele buitendijkse graslanden. Langs de Houtribdijk is een vooroever aangelegd (natuurontwikkeling). De Gouwzee wordt gekenmerkt door ondiep en helder water. Voor nonnetje en zwarte stern behoort het Markermeer tot de belangrijkste pleisterplaatsen in Nederland. Beroemd zijn de enorme concentraties nonnetjes die zich in de wintermaanden langs de Oostvaardersdijk kunnen ophouden. In het gebied komen grote aantallen tafeleenden, kuifeenden en toppereenden voor, die in de winter 's nachts verspreid in het gebied foerageren op driehoeksmossels. Overdag zoeken ze beschutte rustplaatsen op zoals de Gouwzee en langs de Houtribdijk op zoek naar voedsel en rust om hun verenpak te ruien. Boven het meer foeragerende Zwarte Sterns kunnen dan ook talrijk zijn. Nabij de Houtribsluizen bevindt zich een broedkolonie van de visdief. Langs de Noord-Hollandse kust rusten overdag concentraties smienten. Krakeend en meerkoet zijn te vinden aan de oevers van het meer.

Ligging

Tussen Noord-Holland, de Houtribdijk, Zuid-Flevoland, en de lijn vanaf de noordoostpunt van Pampushaven in Flevoland naar de noordzijde van polder de Nes in Noord-Holland.

Beheer

Staatsbosbeheer